Web-Applikation manuell oder aus den Ports installieren?

Via Twitter wurde ich gefragt, ob ich Web-Applikationen von Hand oder lieber aus den Ports installiere. Da mich Twitter auf 140 Zeichen beschränkt, folgt hier die längere Antwort.

Kurz: Ich installiere in der Regel Web-Applikationen wie phpMyAdmin, ownCloud etc. von Hand.